Marek Pawlik jest autorem lub współautorem kilkudziesięciu artykułów dotyczących problematyki prawa podatkowego. Współpracuje z redakcją Przeglądu Podatkowego od 1998 r. Opublikował wiele artykułów w Monitorze Podatkowym, Rzeczpospolitej, Glosie, Nowym Życiu Gospodarczym.

Szczególnie wiele uwagi poświęcił autor zagadnieniu kosztów uzyskania przychodów w podatkach dochodowych. W opublikowanym w latach 2000-2001 w Monitorze Podatkowym cyklu artykułów na temat związku kosztu z przychodem zaprezentował koncepcję wzajemnej relacji kosztów i przychodów w oparciu o celowość, a nie przyczynowość. Koncepcja ta znalazła wielu zwolenników w piśmiennictwie oraz orzecznictwie sądowym.

Autor w swoich artykułach chętnie odwołuje się do problemów wykładni prawa podatkowego i konsekwencji z nich wynikających. Szczególnie w prawie podatkowym nieprecyzyjne i niejednoznaczne zapisy ustaw mogą powodować, że prawo podatkowe staje się niepewne i nieprzewidywalne dla podatników, a możliwe negatywne konsekwencje dotkliwe dla sfery majątkowej.

Stąd problematyka wykładni prawa podatkowego nabiera fundamentalnego znaczenia dla procesu stosowania tego prawa.

Autor porusza także problematykę odpowiedzialności Skarbu Państwa za działanie organów podatkowych. Jako współautor podjął ważką dla podatników problematykę zwrotu kosztów wynagrodzenia doradcy podatkowego, poniesionych przez podatnika w związku z postępowaniem podatkowym lub kontrolą prowadzoną przez organy podatkowe - w przypadku pozytywnego rozstrzygnięcie sporu dla podatnika.